Gestionarea programelor operationale in perioada de programare 2014-2020 se realizeaza la nivelul a trei ministere:

1. Ministerul Fondurilor Europene

- Programul Operational Infrastructura Mare (transport, mediu, energie);

- Programul Operational Competitivitate (cercetare-dezvoltare, agenda digitala);

- Programul Operational Capital Uman;

- Programul Operational Asistenta tehnica.

2. Ministerul Dezvoltarii Regionale si Administratiei Publice

- Programul Operational Regional;

- Programul Operational Capacitate Administrativa;

- Programul Operational pentru Cooperare Teritoriala Europeana.

3. Ministerul Agriculturii si Dezvoltarii Rurale

- Programul National de Dezvoltare Rurala;

- Programul Operational pentru Pescuit si Afaceri Maritime.